「お、自己評価低めだね！笑 そんなことないでしょ？」って冗談っぽく返せば、相手も自分の発言がちょっと変だったって気づくかもね。

「ありがとう！」って素直に言っちゃえばいいんじゃない？意外とそれで終わること多いよ。

「そう？じゃあ次のテスト代わりに受ける？」とか冗談交じりに返すと、相手も気楽になるかも。

「そんなことないよー！てか、何か好きなことある？」「得意なことは？」って聞き返してみると、話が広がって良いと思う。

その言葉、こっちも返しづらいよね～！「いや、○○（スポーツとかゲームとか）の方がすごいじゃん！」とか、相手の得意分野を持ち上げるといい感じになるよ！

「いやいや！勉強がちょっと得意なだけで、他はポンコツだよ！」って笑いに持っていくのはどう？場が和むし、変に気まずくならないと思う！

「あー、まぁそういうことになるのかもね」って適当に流せばいい。

「いえいえ、ただ環境に恵まれていただけですよ」とか「得意なことがたまたま勉強だっただけです」と言うのはどうでしょうか？相手が自分を「頭悪い」と卑下している場合、そのまま流すと微妙な空気になりがちなので、相手をフォローするような言葉を添えると、角が立ちにくいと思います。